Prapoczątki
Historia łagiewnickiego Seminarium rozpoczyna się z chwilą wydania dekretu erekcyjnego powołującego Wyższe Seminarium Duchowne pod wezwaniem św. Antoniego Padewskiego. Dokument prowincjała Prowincji M. B. Niepokalanej o. Stanisława Frejlicha datowany jest na 22 czerwca 1978 roku.Pierwsi studenci pojawili się w Łagiewnikach już w październiku tegoż roku. Z początku wszyscy klerycy, wychowawcy i wykładowcy mieścili się w klasztorze, jednak w miarę zwiększania się ich liczebności, klasztor łagiewnicki stawał się coraz bardziej ciasny. Trzeba było pomyśleć o nowym lokum.
Budowa
Pierwszy rektor o. Feliks Mechecki (zob. zdjęcie) rozpoczął przygotowywanie planów adaptacji budynków przyklasztornych na potrzeby Seminarium. Projekt przebudowy, przygotowany przez inż. M. Rybaka z Łodzi został zatwierdzony w 1981 roku. Wkrótce przystąpiono do prac budowlanych. W niewykończonym jeszcze budynku zamieszkali klerycy i rozpoczęli zajęcia od jesieni 1983 roku. Budowa została zakończona w 1986 roku, a wykończenie wnętrza, w którym już toczyło się życie, formacja i nauka – w 1988 roku.
Podział prowincji
W 1986 roku z Prowincji M. B. Niepokalanej wyłoniła się nowa Prowincja św. Maksymiliana z siedzibą w Gdańsku. Od tego podziału WSD w Łagiewnikach stało się w rzeczywistości Seminarium Międzyprowincjalnym, ponieważ studiowali w nim alumni obydwu Prowincji. Na drodze uzgodnień Seminarium zostało w 1998 roku ustanowione osobnym domem zakonnym prowincji warszawskiej. Aktualnie kieruje się statutem zatwierdzonym w 2004 roku.
UKSW
Od początku swego istnienia Seminarium współpracuje z uczelniami wyższymi i realizuje program szkoły wyższej. Od 1996 roku wszyscy obowiązkowo kończą studia egzaminem magisterskim. Od początku istnienia WSD w Łagiewnikach rozważano możliwość jego afiliacji do wyższej uczelni. Starania te zostały uwieńczone sukcesem i na podstawie umowy z 25 czerwca 2001 roku studenci teologii WSD w Łagiewnikach, od roku akademickiego 2001/02, są równocześnie studentami Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie.
Nauka
W 1986 roku do WSD przeniesiono „Bibliotekę Prowincjalną”, mieszczącą się dotąd w Warszawie. Obecnie liczy sobie ona 50 tysięcy woluminów. Funkcję bibliotekarza pełni o. Piotr Sielużycki, wykładowca w seminarium. W 1987 roku do budynku seminaryjnego sprowadził się Instytut Franciszkański, dysponujący znaczącą biblioteką franciszkańską. Zajmuje się redakcją wydawnictw poświęconych problematyce franciszkańskiej. Od 1987 roku na stałe w łagiewnicki krajobraz seminaryjny wkomponowały się coroczne sympozja naukowe o tematyce franciszkańskiej. Od 2000 roku z inicjatywy o. prof. St. C. Napiórkowskiego WSD wydaje rocznik teologiczny „Lignum Vitae”, w którym swoje prace publikują profesorowie, absolwenci, a nawet studenci WSD.
Nasze inicjatywy
Od samego początku istnienia łagiewnickiego Seminarium można zauważyć liczne inicjatywy podejmowane przez alumnów. Spośród najbardziej znanych form działalności wymienić należy pracę seminaryjnego pisma „Nasze Życie”, które w ciągu 25 lat wydało przeszło 120 numerów oraz zespołu Pokój i dobro, który zdołał nagrać 10 albumów.